Après le premier cycle (DFGSP) les étudiants doivent choisir au cours de leur 4ème année (DFASP1) de poursuivre dans l’une des trois filières qui leur permettront d’obtenir leur doctorat.

Ces filières sont : la filière officine, la filière industrie et la filière internat.

Les filières officine et industrie forment ce qu’on appelle le cycle court et les étudiants obtiennent leur doctorat 6 ans après avoir eu le bac (sauf redoublement.s) 

La filière internat est, quant à elle, appelée cycle long. Elle n’est possible qu’après la réussite au concours national de l’internat. Les étudiants ayant réussi ce concours peuvent choisir, en fonction de leur classement, un CHU ainsi qu’un DES (Diplôme d’Etudes Supérieures). Il existe actuellement trois DES : Biologie Médicale (formation de l’interne aux domaines de  la bactériologie, immunologie, hématologie, etc.), Pharmacie Hospitalière (formation plus axée sur le médicament, les dispositifs médicaux, la stérilisation, les chimiothérapies et bien d’autres domaines) et l’Innovation Pharmaceutique et Recherche (formation des internes pour des carrières de recherche et d’enseignement) 

Attention, la filière d’innovation (IPR) est accessible jusqu’en 2022 au concours de l’internant.